刘备兄弟三人引领五百乡勇，来投靠刘焉抵御黄巾军入侵。不过刘焉告诉刘备，中郎将董卓将署理冀州的防务，自己已经被朝廷派到益州任职。

其实这刘焉是个老狐狸，他早已看出汉室已经颓废，即便是黄巾军被消灭，刘汉的天下也将被各地的诸侯把持。

刘焉认为等黄巾军扑灭之后，天下将会大乱。而冀州是个是非之地，自己在这个地方早晚会被别人吞并。

正在刘焉思索退路的时候，张鲁的一个好友侍中董扶对他说道：“君郎（刘焉字君郎），黄巾之后，京师将乱，诸侯必将纷争。益州沃野千里，天府之国有天子气，君郎应早图之，迟则生变！”

这张鲁和董扶本就是益州人，他俩也想回到益州避乱。但是苦于自己势单力薄，无法在 益州立足，因此想拉刘焉一起去益州发展。

刘焉闻听董扶之言，认为他说的有道理。于是刘焉上书朝廷，痛责益州刺史郤俭在益州大事聚敛，贪婪成风，请朝廷查办。

汉灵帝看了刘焉的文书，当即封刘焉为监军使者、阳城侯，兼领益州牧，命其前往益州逮捕郗俭，整饬吏治。

于是刘焉率领本部人马，在张鲁和董扶的保护下，前往益州。由于当时蜀道不通，刘焉暂驻在荆州东界。

此时益州刺史郤俭已被黄巾军首领马相等杀死，但是刚称帝的几日的马相又被益州从事贾龙组织军队击败。

贾龙闻听朝廷派刘焉任益州牧，于是亲自到荆州迎接刘焉入益州。刘焉将自己的府衙设在绵竹县，以便署理蜀中事务。

刘焉就任益州牧后，在蜀中安抚收容逃跑反叛的人，极力实行宽容恩惠的政策，蜀中名士，竞相投奔刘焉。

侍中董扶帮助刘焉到达蜀中后，拉拢许多地方名士，如任安、王商、陈实、祝龟，来辅佐刘焉。刘焉在这些人的帮助下，很快控制了整个巴蜀。

刘焉的部下张鲁，本是益州天师道祖师爷张道陵的后人。他重新回到益州后，又创立了五斗米教，收了不少教徒，刘焉并不加以阻止。

这张鲁的母亲长相美丽，也懂得神鬼邪说。自从张鲁父亲去世后，益州牧刘焉和张鲁的母亲来往比较密切。

张鲁这个人，平时装神弄鬼有点本是外，并无其他特长。刘焉看在张鲁母亲的面子上，就任命张鲁为督义司马，统领一哨人马。

刘焉掌控巴蜀之后，为了进一步扩大地盘，他又把目光投向了汉中。于是刘焉派张鲁与别部司马张修一起进攻汉中郡，杀汉中太守苏固。

张鲁在汉中得势后，却杀死张修，截断交通，斩杀汉使，刘张两家由此结怨。刘焉则以米贼作乱阻隔交通为由，从此中断与中央朝廷的联络。从此刘焉 占据益州，张鲁独霸汉中。

中原大乱之下，南阳、三辅一带有数万户流民进入益州，刘焉悉数收编，称为“东州兵”。依靠这支力量，他进一步巩固自身势力，使得益州因而处于半独立的状态。

在这个时期，刘焉就有了称帝之心。不过此时荆州牧变成了刘表，刘表对自己这个汉室宗亲非常警惕，经常上书朝廷防止刘焉造反。

刘焉害怕朝廷让刘表攻打自己，随即就放弃了称帝的野心。此后，刘焉称病，让朝廷将其子奉车都尉刘璋从京城派到益州，刘焉趁机将其留下。

兴平元年，绵竹发生大火，刘焉的城府被焚烧，所造车乘也被烧得一干二净，四周民房亦受其害，刘焉不得已迁州治到成都。

此时刘焉在长安的两个儿子，长子刘范与次子刘诞因为牵扯到密谋造反诛杀。刘焉伤心死去的两个儿子，又担忧灾祸，不久便发背疮而死。

刘焉死后，他剩下唯一的儿子刘璋继承益州牧，成为了蜀中之主。刘璋统治下的益州，和张鲁统治下的汉中，经常兵戎相见。

在刘焉和张鲁分别占据益州和汉中之时，中原地区又发生了大的变化。各路诸侯纷纷相应朝廷的号召，派出大军对黄巾军做出最后一击。